Кокарбоксилазаг элэг ба бөөрний үйл ажиллагааны дутагдал, чихрийн шижингийн шалтгаант кома ба түүний урьдал байдал, чихрийн шижингийн кетоацидоз, зүрхний үйл ажиллагааны архаг дутагдал, зүрхний хэм алдалт, захын мэдрэлийн үрэвсэл зэрэг өвчний үед иж бүрдэл эмчилгээний нэг бүрэлдэхүүн болгон хэрэглэнэ.
Хүүхдэд мөн адил зорилгоор хэрэглэдэг. Нярайд бэлдмэлийг дараах тохиолдлуудын иж бүрдэл эмчилгээнд хэрэглэнэ. Үүнд: ургийн бүтэлт, түүнээс шалтгаалсан ацидоз, хүчилтөрөгчийн дутагдал, уураг тархины эмгэгшил (энцефалопати), цусны эргэлтийн алдагдал болон уушгины хатгаа, цусан үжил зэрэг орно.
